We vinden de Jonkershovemolen aangeduid op de kaart van het Brugse Vrije door Pieter Pourbus (1562).
In "de nieuwe Leghere van alle Landen... toebehoorende den disch van Woumen" (1612) staat gemeld: "Item verre bezuuden vande voornoemde kercke (van Woumen) ende benoorden by de vervallen wyntmeulen van Jonckershove" (Zuutover, nr. 28).
Op de "Carte des Environs de Dunkerque, Bergue (...) Menin, Ypres, Dixmude, &C." van 1743 (uitgegeven in Parijs, mogelijk een weergave van een oudere toestand wanneer de kasselrij Ieper nog in Franse handen was) vinden we "Jonkershoven M(olen)" aangeduid.
Op de Ferrariskaart (ca. 1775) is de z.g. "Jonkershovemolen" aangeduid op de kruising van de huidige Zuid-Torhoutstaat en de Woumenstraat, iets ten noorden van de site "Jonckershove".
De site "Jonckershove" is aangeduid als kern van de heerlijkheid Jonkershove: een omwald opperhof met enkele gebouwen en een niet omwald neerhof met enkele gebouwen, cf. bewaarde archeologische site in de Zuid -Torhoutstraat.

Enkele molenaars uit de 18de eeuw:
- 1706: Feryn Ryckewaert (of Ryckaert)
- 1731: Karel Vermarcke
- 1764: Hubert Vermarcke
- 1768: Pieter van Lerberghe

Eigenaars sinds 1834:
- 1834, eigenaar: Bouvy Petrus, eigenaar te Brugge
- later, eigenaar a) Busschop Paul, eigenaar te Brugge, b) Bouvy Marie Sophie, "épouse inderdite" van Busschop Paul, te Brugge en c) Bouvy Désiré te Brugge
- 10.01.1861, deling: Bouvy Désiré, eigenaar te Brugge (notaris Jacqué)
- 21.08.1869, erfenis: Vanderbeke-Bouvy Charles, eigenaar te B russel - later, erfenis: de weduwe (overlijden van Charles Vanderbeke)
- 05.06.1888, verkoop: Jansseune-Declerck Lodewijk Jozef, bakker te Merkem (notaris Wauters)
- 03.01.1906, erfenis: de weduwe en kinderen (overlijden van Lodewijk Jansseune)

De molen ondervond sinds 1881 veel concurrentie van de nieuwe stenen Molen Castelein in de onmiddellijke omgeving (Mgr. Schottestraat). De staakmolen kwam zelfs tot stilstand, maar Justin Castelein, zoon van Henri Castelein-Syoen en dus van de concurrende molen, bracht de molen enkele jaren voor 1914 weer in werking.
De staakmolen werd in 1914 vernield en werd niet vervangen door een mechanische maalderij. De laatste molenaar Justin Castelein trok naar het erf van de vernielde ouderlijke molen. Daar richtte hij wel een mechanische maalderij op, die hij vele jaren lang uitbaatte.

Lieven DENEWET

Archieven en landkaarten
- Pieter Pourbus, Kaart van het Brugse Vrije, 1562.
- "de nieuwe Leghere van alle Landen... toebehoorende den disch van Woumen" (1612)
- "Carte des Environs de Dunkerque, Bergue (...) Menin, Ypres, Dixmude, &C." (1743), uitgegeven in Parijs, mogelijk een weergave van een oudere toestand wanneer de kasselrij Ieper nog in Franse handen was
- Ferrariskaart (ca. 1775)
- Atlas der Buurtwegen (ca. 1844)
- Topografische kaart van Ph. Vandermaelen (ca. 1850)
- Kadastrale kaart van P.C. Popp (ca. 1855)

Werken
- J. Vlaeminck, Bijdragen tot de geschiedenis van Woumen, Beernem, 1983
- Herman Holemans, Westvlaamse wind- en watermolens. Kadastergegevens 1835-1990. Deel III. Gemeenten H-J, Kinrooi, Studiekring Ons Molenheem, 1995.
- Lieven Denewet, "Honderd bespookte molens in Vlaanderen. Een verzameling molensagen van de kuststreek tot het Maasland", Molenecho's, XX, 1992, 3-4.
- Xavier Lesage, "Elementen van de landschapsgeschiedenis van het huidige "Houthulst", in Bijdrage tot de geschiedenis van Houthulst. Van 19de-eeuwse parochiestichting tot gemeente (1928), Brussel, 1988.
- R. Verschuren, "Houthulst in oorlog en verzet, in Bijdrage tot de geschiedenis van Houthulst. Van 19de-eeuwse parochiestichting tot gemeente (1928)", Brussel, 1988.
- Missiaen H. & Vanneste P. m.m.v. Gherardts F., "Inventaris van het bouwkundig erfgoed, Provincie West-Vlaanderen, Gemeente Houthulst, Deelgemeenten Jonkershove, Klerken en Merkem", Bouwen door de eeuwen heen in Vlaanderen WVL24, 2006.