Dans la première moitié du XIII siècle, fut fondée sur le territoire de Boneffe une abbaye cistercienne d'abord destinée à des femmes. Les religieuses occupèrent l'abbaye jusqu'au Xve siècle.

Mais leur situation était fort inconfortable car le monastère, situé aux limites du duché de Brabant et du comté de Namur, subissait le contrecoup de toutes les guerres : l'abbaye est détruite en 1355 et les moniales dispersées. Lorsqu'elles reviennent à Boneffe, leur situation est désastreuse, aussi le chapitre général de Cîteaux décide, en 1413, que le monastère sera désormais occupé par des hommes. Cette décision n'entra en vigueur qu'en 1461, date à laquelle des moines de l'abbaye de Moulins (Anhée) et de l'abbaye du Jardinet (Walcourt) furent envoyés à Boneffe où il ne restait plus que l'abbesse et trois moniales. Les moines ne furent pas plus heureux que les religieuses : dispersée par la guerre et par la peste à la fin du XVe siècle, la communauté fut à nouveau éprouvée par une épidémie assez curieuse d'apostasie collective au milieu du XVIe siècle (9 moines et 10 convers quittèrent l'abbaye pour la Hollande où ils se firent calvinistes); les rescapés virent leur monastère incendié par les Gueux en 1568 et l'un d'entre eux fut assassiné. A nouveau ravagée par les Hollandais au XVIIe siècle, puis par les Français, l'abbaye fut supprimée à la Révolution. Ses bâtiments furent transformés en trois fermes qui conservent encore aujourd'hui des constructions des XVIIIe et XIXe siècles.

La grande abbaye fut nationalisée et vendue à la révolution française. Elle fut achetée par André Joseph Ackerman qui eut 4 enfants. Une de ses filles, Agnès, épousa en 1805, un français, Pierre Darrigade, ancien chirurgien aux armées de l'empire. Il fut l'un des fondateurs des verreries du Val St-Lambert et hérita du domaine de Boneffe grâce à son mariage. Il mourut en 1836. En 1808, naquit son fils, Jules qui eut une fille, Céline, épouse du comte Paul de Meeûs. Celui-ci hérita de l'ancienne abbaye.

Le grand domaine encore entouré de sa très vieille muraille regroupe aujourd'hui trois fermes dans un même ensemble. Il est composé d'un important complexe de bâtiments principalement des XVIIIe et XIXe siècles où l'on remarque surtout de vastes écuries voûtées et une grange à colonnes cylindriques.

Raphaël de Meeûs a occupé une des trois fermes depuis 1967. Les deux autres exploitations furent occupées respectivement par son frère Baudouin et son cousin Gérard Dumont de Chassart. Les orgues et le grand maître autel de l'ancienne église qui se trouvait au sein de l'abbaye ont été rachetés par la famille de Woelmont et se trouve aujourd'hui dans l'église de Soiron.

Sur la rive droite de la Méhaigne, en amont, le moulin et les bâtiments de l'ancienne abbaye convertis en corps de ferme; en aval et en regard du village, l'étang, le parc et les grands arbres du château. Enfin, dans l'angle formé par les clôtures de l'abbaye et du château, des maisons d'ouvriers et de petits cultivateurs. La plupart, de construction récente, forment le hameau de Par-delà-l'eau.

Village et hameau, abbaye et château sont dominés de trois côtés par l'un des plateaux les plus fertiles et les mieux cultivés de la Hesbaye. Le quatrième côté est formé par le vaste étang de l'abbaye, le bief du moulin, et des prairies se continuant vers Taviers et l'Ameralle".

Vers 1830, la Méhaigne activait à Boneffe un moulin à farine et un moulin à huile.

Le moulin en ruine, situé aux abords de la Mehaigne, fut rasé dans les années 1970.

Périodique "Éghezée et Vous", n° 4 (mars 1989).
eghezee.org
Philippe Vandermaelen & Dr. Meisser, "Dictionnaire géographique de la province de Namur", Bruxelles, 1832, p. 34-35.
Charles Meerts, "Dictionnaire géographique et statistique du royaume de Belgique", Bruxelles, Vanderborght, 1845.
Hervé Hasquin e.a., "Commnunes de Belgique: dictionnaire d'histoire et de géographie administrative. Wallonie", 2 vol., Bruxelles, La Renaissance du livre, 1980-1983.
Herman Holemans, "Enquète auprès des communes de la Province de Namur", 1986.
Lucien Simon, "Moulins de chez nous", Dison, Fondation Adolphe Hardy, 1992, p. 74.